YouTubeへのアップロード形式

YouTubeへのアップロードの方法についての資料をwebで検索すると、様々な意見が出てきます。しかし、その多くは再エンコードの特性をきちんととらえていないようです。
YouTubeは原則としてすべての動画を視聴環境に合わせて再エンコードします。アスペクト比も自動的に修正されます。
再エンコードの際には必ず画質と音質の劣化を伴うので、YouTubeでサポートされているファイル形式の場合は最適なアップロードの方法はよけいなことをせず元のファイルをアップロードすることです。
それでは、YouTubeが対応していない形式の場合はどうしたらいいでしょうか。
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